Mal encuadramiento de autónomo colaborador en un bar.

Quería hacer una consulta y ver si me podíais ayudar. Una autónoma convivía con su expareja, ella como titular de un establecimiento (Bar) y el «novio» encuadrado en el régimen general porque no había matrimonio aunque si convivían. Constaban en el registro «certificado empadronamiento» en el Ayuntamiento durante ocho años, por lo que entiendo que había un mal encuadramiento en seguridad social ya que al convivir más de cinco años y estar empadronados en el mismo domicilio estaríamos hablando de un autónomo colaborador. Resulta que fue despedido porque no pagaba a los proveedores y acreedores, él llevaba la gestión administrativa. El trabajador ha demandado por diferencias salariales, etc. (este trabajador estaba a tiempo parcial que era lo que estaba en el bar). ¿Podríais explicarme cómo podríamos regularizar esta situación de mal encuadramiento si se opta por esta posición ante el Juez? Al final, las cuotas que pagaba en el régimen general son iguales a las del RETA. ¿Qué problemas podría tener ante la TGSS?